瓊脂糖凝膠電泳的常見問題有哪些？

瓊脂糖凝膠電泳是根據(jù)核酸（DNA或RNA）分子大小來分離和識(shí)別物質(zhì)的技術(shù)。那么你知道瓊脂糖凝膠電泳的常見問題有哪些嗎？讓我們一起來看看吧！

一、同樣大小的DNA一起跑電泳條帶不一樣大

DNA條帶不一樣大，本質(zhì)上是DNA在凝膠中的遷移率不一樣，有的跑得快，有的慢，通常情況同樣大小的DNA，遷移率是一樣的，條帶位置也會(huì)一樣。

但遷移率也受很多因素影響，例如DNA的構(gòu)象。例如環(huán)狀超螺旋結(jié)構(gòu)的DNA，和同等大小的線性DNA（例如單位點(diǎn)酶切后的質(zhì)粒），前者的遷移率要高，表現(xiàn)出來就是看上去超螺旋結(jié)構(gòu)的DNA分子量好像小一點(diǎn)。

二、加大電泳的電壓，DNA會(huì)跑得快，但有時(shí)效果卻不明顯

在較低電壓時(shí)，提高電壓，DNA的遷移率也會(huì)提高；但如果DNA分子量太大時(shí)，增加電壓后對(duì)DNA遷移率的提高其實(shí)不成比例，說白一點(diǎn)，就是有效果，但不明顯。

例如，當(dāng)DNA分子量大于2Kb后，施加在電泳槽兩端的電壓不應(yīng)該高于5V/cm，如果電泳槽長(zhǎng)40cm，那么電壓不應(yīng)該高于200V。

三、瓊脂糖質(zhì)量對(duì)電泳效果有多大影響

有時(shí)候，換了一個(gè)批次的瓊脂糖，或者更換了新的供應(yīng)商的瓊脂糖后，同樣的樣品進(jìn)行電泳，效果也會(huì)有差異。

最常見的一個(gè)原因在于，瓊脂糖本身的質(zhì)量也是影響電泳結(jié)果的一個(gè)因素。

瓊脂糖由大量的多糖組成，這些多糖會(huì)與硫酸鹽吸附，成為一種叫硫酸化多糖的東西。在電泳時(shí)，它會(huì)產(chǎn)生正電荷，并向陰極移動(dòng)，也就是和DNA移動(dòng)的方向相反。

四、電泳緩沖液對(duì)電泳效果有多大影響

電泳時(shí)，電泳緩沖液是一種經(jīng)常需要更換的試劑。

最li想的狀態(tài)，應(yīng)該是，使用同一批次的電泳緩沖液母液進(jìn)行1X電泳緩沖液的配置和對(duì)應(yīng)檔次電泳的凝膠配置。因?yàn)橹挥羞@樣操作，才能保證整個(gè)離子緩沖環(huán)境是一致的。

另外，常見的電泳緩沖液的使用錯(cuò)誤，還包括，直接倒入自來水替代電泳緩沖液，或者直接使用10X或50X的母液當(dāng)緩沖液進(jìn)行電泳。‘

前者因?yàn)榫彌_體系內(nèi)缺乏足夠的離子，造成電導(dǎo)率很低，DNA遷移速度很慢，甚至wan全不動(dòng)了；而后者則因?yàn)殡妼?dǎo)率太高，造成整個(gè)緩沖液產(chǎn)熱太厲害，甚至連凝膠都融化了。

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